Das aktuelle PDT, welches über das Helios Repo ausgeliefert wird, hat einen nervigen Bug, der das Compare-Feature nicht nutzbar macht.
Folgende NPE wird hier geworfen.

[code]
java.lang.NullPointerException
at org.eclipse.php.internal.core.format.FormatPreferencesSupport.verifyValidity(FormatPreferencesSupport.java:100)
at org.eclipse.php.internal.core.format.FormatPreferencesSupport.getIndentationChar(FormatPreferencesSupport.java:89)
at org.eclipse.php.internal.ui.editor.configuration.PHPStructuredTextViewerConfiguration.getIndentPrefixes(PHPStructuredTextViewerConfiguration.java:448)

Die Lösung ist, auf einen nighlty build zu updaten. Hierzu bindet (oder aktiviert) man die Update site: http://download.eclipse.org/tools/pdt/updates/2.2/milestones

Erfasst sind hierzu folgende Bugs: